La chiesa, insieme ad alcune porzioni di fabbricati visibili in via San Gregorio, è tutto ciò che resta dell’antico lazzaretto, costruito a partire dal 1488 sotto la direzione di Lazzaro Palazzi e demolito nel 1881. Il complesso, destinato all’isolamento e alla cura dei malati di peste, era costituito da un vasto recinto quadrato, con un unico ingresso, circondato da un fossato. Sul grande portico interno si affacciavano 288 celle, ciascuna dotata di camino e servizi, dalle quali gli appestati potevano assistere alla messa celebrata nella cappellina di Santa Maria della Sanità posta al centro del cortile.
A seguito della grande epidemia di peste del 1576, San Carlo Borromeo diede incarico all’architetto Pellegrino Tibaldi di costruire un nuovo edificio di culto più ampio sul luogo del precedente. Venne costruita così la chiesa di San Carlo al Lazzaretto (in origine dedicata a San Gregorio), a pianta centrale, di forma ottagonale, aperta su tutti i lati.
A partire dal 1582 per volere di san Carlo Borromeo la chiesa del Lazzaretto era stata meta di una solenne processione cittadina di suffragio per le vittime della peste che partiva dal Duomo con la partecipazione del clero della cattedrale e del popolo. La solenne processione fu celebrata ogni anno nel lunedì di Pentecoste e cessò con l’occupazione francese.
Ecco come Alessandro Manzoni, ne I Promessi Sposi, ci descrive la chiesa:
“La cappella ottangolare che sorge, elevata d’alcuni scalini, nel mezzo del lazzeretto, era, nella sua costruzione primitiva, aperta da tutti i lati, senz’altro sostegno che di pilastri e di colonne, una fabbrica, per dir così, traforata: in ogni facciata un arco tra due intercolunni;
dentro girava un portico intorno a quella che si direbbe più propriamente chiesa, non composta che d’otto archi, rispondenti a quelli delle facciate, con sopra una cupola; di maniera che l’altare eretto nel centro, poteva esser veduto da ogni finestra delle stanze del recinto, e quasi da ogni punto del campo.
(I Promessi Sposi, Cap. 36)
Negli anni l’intero complesso fu impiegato per svariati utilizzi: alloggio delle truppe, abitazioni private, fino alla decisione della demolizione della struttura del Lazzaretto avvenuta nel 1881.
La chiesa fu risparmiata dalla demolizione e nel 1883 fu acquistata dalla vicina parrocchia di Santa Francesca romana. L’anno successivo fu restaurata dall’ing. Luigi Robecchi, con la modifica della tamponatura delle arcate, l’aggiunta di un corpo per la sagrestia e di un cupolino. Il 31 ottobre fu benedetta dall’arcivescovo mons. Luigi Calabiana e il 4 novembre fu aperta al culto con il titolo di San Carlo.
La chiesa fu decorata internamente e a più riprese negli anni successivi completata con elementi decorativi ed arredi.
La pala dell’altare maggiore è una tela raffigurante San Carlo che visita gli appestati.
Al centro della pavimentazione è rappresentata una stella a otto punte con al suo interno la scritta “humilitas“, motto di San Carlo Borromeo.
La Chiesa di San Carlo al Lazzaretto ha dato il nome alle patatine San Carlo. Siamo nel 1936 e una rosticceria di Milano, in via Lecco, ebbe l’idea di creare queste patatine croccanti e diede il nome a quel prodotto del tutto innovativo prendendo spunto proprio dalla vicina chiesa di San Carlo al Lazzaretto.
La Madunina 